Karakterisering av proteiner fra Prymnesium kappa virus (PkV RF01) - et potensial for bioprospektering
Master thesis
Permanent lenke
https://hdl.handle.net/1956/20309Utgivelsesdato
2019-06-21Metadata
Vis full innførselSamlinger
- Master theses [269]
Sammendrag
Prymnesium kappa virus (PkV RF01) ble først isolert i Raunefjorden i tidsrommet 2009-2011 og er det største algeviruset så langt isolert (kapsid størrelse 310 nm). Viruset kan lysere flere stammer av Haptolina ericina og en stamme av Prynesium kappa, noe som er uvanlig da kultiverte virus ofte er artsspesifikke. I dette viruset har det nylig blitt oppdaget flere gener som ikke tidligere har blitt beskrevet i virus. Dette inkluderer blant annet alle genene involvert i succinat dehydrogenase kompleks II, som er en del av trikarboksylsyresyklus og den oksidative fosforyleringen. I tillegg har det blitt oppdaget flere interessante auksiliære metabolske gener, hvor flere ikke er beskrevet i virus tidligere, og disse kan ha potensiale innen bioprospektering. PkV RF01 er dermed et virus av stor interesse for forskning. Målet for dette masterprosjektet er derfor å se nærmere på sju utvalgte gener for å undersøke om disse blir uttrykt i viruset, som er det første steget i å finne funksjonen deres. Arbeid med sdhA genet ble gjennomført for å finne ut om det blir transkribert under infeksjon, og eventuelt når i infeksjonssyklusen dette skjer. For å undersøke dette ble det isolert mRNA, som ble brukt som templat under RT-PCR, og deretter blir DNA amplifisert ved PCR for å undersøke om genet har blitt transkribert. Dette ble ikke vellykket da DNA ikke ble fjernet under DNase I behandling ved mRNA isoleringen. Videre ble det forsøkt å klone, uttrykke og rense fem auksiliære metabolske gener for å videre kunne karakterisere de og se på muligheten for økonomisk verdi. Dette ble gjort ved hjelp av pET ekspresjonssystem hvor E. coli ble brukt som vertsorganisme. DNA polymerase X ble vellykket renset, og sendt for videre karakterisering. De fire andre proteinene ble ikke vellykket renset, som kan tyde på at de ikke er løselige eller bare delvis løselig. Prymnesium kappa virus (PkV RF01) was first isolated in Raunefjorden during the years 2009-2011, being the largest algae virus yet to be isolated (capsid size 310 nm). This virus can lyse several strains of Haptolina ericina and one strain of Prynesium kappa, which is rather unusual due to cultured viruses often being species specific. In this virus, several genes never previously described in viruses have recently been discovered. Including amongst others, all genes involved in succinat dehydrogenease complex II, which is part of TCA cycle and the oxidative phosforylation. In addition, several interesting auxiliary metabolic genes that may have potential in bioprospecting have also been discovered. Thus, PkV RF101 is a virus of great interest when it comes to research. The aim of this master thesis is therefore to take a closer look at seven selected genes to investigate whether these genes is expressed in the virus, being the first step in deciding their function in the virus. The work with the sdhA gene was conducted to find out if the gene is transcribed during infection, and if possible when in the infection cycle it will be transcribed. mRNA was isolated and used as a template during RT-PCR, then DNA was amplified by PCR to find out if the gene was transcribed. This was not a success due to challenges removing DNA with DNase I treatment during mRNA isolation. Five auxiliary metabolic genes were attempted cloned, expressed and purified, in order to characterize these and view further possibilities for economic value. This was done with the help of pET expression system where E. coli was used as the host organism. DNA polymerase X was successfully purified and shipped of for further characterization. The remaining four proteins were not successfully purified, which may indicate these proteins not being soluble or only partially soluble.