Bruk av massiv parallell sekvensering for påvisning og identifikasjon av mikrober i galle hos pasienter med akutt kolangitt

Abstract

De fleste infeksjonssykdommer som forårsakes av bakterier og sopp kan behandles med antimikrobielle midler. Kjennskap til hvilke mikrober som forårsaker sykdommene er viktig for å kunne gi pasienten riktig behandling. Den vanligste metoden for påvisning og karakterisering av bakterier og sopp er dyrkning. Dyrkningsmetoden har imidlertid vesentlige begrensninger, da den er avhengig av levende mikrober som er i stand til å vokse under de betingelsene som kan tilbys i laboratoriet. Vi har derfor etablert en dyrkningsuavhengig metode for identifisering av bakterier og sopp, basert på massiv parallell sekvensering av utvalgte gener. Sekvensering av 16S rRNA-genet er en godt etablert metode for identifisering av bakterier i diagnostiske laboratorier, og kan i mange tilfeller identifisere bakterier til artsnivå. Det finnes imidlertid unntak, blant annet for arter innen Enterobacteriaceae-familien og innen Enterococcus-, Streptococcus- og Staphylococcus-slektene. For å løse dette har vi derfor innført sekvensering av rpoB-genet, som et supplement til 16S rRNA. Sekvensering av ITS-2 segmentet er inkludert for å kunne påvise og identifisere sopp. Tjue galleprøver fra nitten pasienter med kolecystitt og kolangitt ble undersøkt, og det ble totalt funnet 35 ulike arter. Det ble påvist signifikant flere mikrober ved massiv parallell sekvensering enn ved dyrkning, og det var en klar sammenheng mellom mengde påvist DNA og om mikroben lot seg dyrke. Sekvensering av rpoB og ITS-2 ga verdifull tilleggsinformasjon sammenholdt med sekvensering av 16S rRNA alene, og de aller fleste mikrobene lot seg identifisere til artsnivå. Metoden som er etablert i denne studien kan også benyttes til andre typer prøvemateriale, og vil være spesielt verdifull for karakterisering av mikrobiologien ved ulike polymikrobielle infeksjoner.