Show simple item record

dc.contributor.authorDrønen, Karine
dc.date.accessioned2019-12-19T13:32:10Z
dc.date.issued2019-12-13
dc.date.submitted2019-12-12T23:00:04Z
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/1956/21218
dc.descriptionPostponed access: the file will be accessible after 2020-11-18
dc.description.abstractResirkulering akvakultur systemer (RAS) teknologi for ferskvannsproduksjon av smolt ble for første gang brukt med marint vann for post-smolt påvekst, dvs. påvekst 100-500 gram i tre måneder. Mikrobiell dypsekvensering av produksjonsvann, fiskehud og biofilmer på biofilter og fisketankvegger ble utført gjennom fire produksjonssykluser (2-5), for å få innsikt i økologiske, patologiske og driftsmessige problemer, og som et første skritt for å utvikle et erfaringsbasert overvåkningsprogram for RAS. I tillegg ble et kommersielle inokulum som var brukt til kolonisering av biofilteret evaluert separat. Mikrobene fra inokulumet dominerte biofilmen i biofilteret frem til den femte produksjonssyklusen, og overflaten til biofilmbærerene ble kolonisert i samsvar med det som er tidligere rapportert for bruk av marint kystvann for overflatekolonisering. Imidlertid var modningstiden lang for steg to av den bakterielle nitrifikasjonsprosessen i biofilteret, og Nitrospira etablerte seg omtrent 15 måneder etter oppstart. Stabilisering av biofilmmatriksen av Myxococccales medlemmer kombinert med en saltholdighetsreduksjon i RAS-vannet til 22‰, bidro til at nitrifikasjonen kom i gang. Trolig var etableringen av Myxococcales og også Vibrio medlemmer i biofilmen forsinket av spesifikk predasjon, ixotrofi, utført av to første-kolonister fra Bacteroidetes. De ixotrofe stammene forsvant fra biofilmen da antibiotika ble gitt til fisken for å hindre hudsår (Produksjonssyklus 2) og når biofilmen ble behandlet direkte med hypokloritt / flytende ozon før neste syklus. Dominansen av Myxococcales i biofilterbiofilmen under den tredje produksjonssyklus forårsaket de største skiftene i de mikrobielle samfunnsstrukturene gjennom RASet i forsøksperioden. De fleste biofilmbakteriene ble redusert fire ganger av lysisaktiviteten til Myxococcales, og dessuten var det et skifte i produksjonsvannet fra Colwellia til en ikke-patogen Francisella-stamme, noe som indikerte at nekromasse var tilgjengelig i vannet. Saltholdigheten var høy i løpet av denne syklusen, og forhindret sannsynligvis at Nitrospira utnyttet den åpne biofilmoverflaten og de biofilmforsterkende egenskapene til Myxoococcales til å etablere seg på dette tidspunktet. Mindre intense ekstinksjons- og adhesjonsprosesser foregikk kontinuerlig i biofilteret, og et modnet biofilter ble ikke oppnådd i løpet av den eksperimentelle tidsperioden. Taxa inn og ut av biofilmen var i stor grad de samme. RAS-hendelser assosiert med reduksjon i biofilm taxa i biofilteret var skarpe pH /saltholdighetsfall, endring i oljekomponenter i fiskefôret og dominans av Myxococcales, mens antibiotikabehandling av fisken, behandling av biofilteret med oksiderende kjemikalier og re-inokulering økte antall taxa i biofilteret. Sistnevnte åpnet også for adhesjon av opportunistiske bakterier. Taxa som bare ble oppdaget i vannet eller biofilteret en gang, stammet hovedsakelig fra miljøet. Biofilmen i biofilteret og produksjonsvann var i motsatte diversitets faser, og vi tolker dette som at mikrober i vann i større grad enn mikrober i biofilm påvirkes av miljøendringer som skjer raskere enn mikrobiell adaptasjon i et RAS. Vi anbefaler bruk av mikrobiell dypsekvensering for RAS-overvåking og har forslag til videreutvikling av tilnærmingen.en_US
dc.language.isoeng
dc.publisherThe University of Bergenen_US
dc.rightsCopyright the Author. All rights reserved
dc.subjectLOZ
dc.subjectbiofilm
dc.subjectre-inoculation
dc.subjectdeep sequencing
dc.subjectAureispira
dc.subjectpost-smolt
dc.subjectmicrobial community
dc.subjectRAS wash
dc.subjectMarine RAS
dc.subjectcommersial inoculum
dc.subjectbiofilter
dc.subjectMyxococcales
dc.subjectantibiotic treatment
dc.subjectNitrospira
dc.titleMICROBIAL COLONIZATION AND COMMUNITY SHIFTS IN A MARINE POST-SMOLT RAS DURING THE FIRST YEAR OF OPERATION AS ANALYZED BY DEEP SEQUENCINGen_US
dc.typeMaster thesis
dc.date.updated2019-12-12T23:00:04Z
dc.rights.holderCopyright the Author. All rights reserveden_US
dc.description.degreeMasteroppgåve i fiskehelseen_US
dc.description.localcodeFISK399
dc.description.localcodeMAMN-FISK
dc.subject.nus759906
fs.subjectcodeFISK399
fs.unitcode12-60-0
dc.date.embargoenddate2020-11-18


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record