Enterovirus genotyping

Abstract

En molekylærbiologisk metode for typebestemmelse av enterovirus er under utprøving og skal etter hvert etableres på Mikrobiologisk avdeling ved Haukeland universitetssjukehus. Før etablering av metoden skal den være i stand til å identifisere de klinisk relevante enterovirus genotypene. Prøver som hadde testet positivt for enterovirus ved laboratoriet fra midten av 2018 til Januar 2020 ble forsøkt genotypet ved metoden. Metoden var en to-trinns revers transkriptase polymerase kjedereaksjon og en nested polymerase kjedereaksjon, etterfulgt av Sanger-sekvensering. Metodens sensitivitet og mulige påvirkninger på sensitiviteten ble undersøkt. Ved å analysere alle enterovirus-positive prøver fra 2019 fikk man i tillegg en periodisk oversikt. Av 120 prøver ble 99 typet (82,5%), fordelt på 15 ulike genotyper. Mulige påvirkninger på metodens sensitivitet ble undersøkt, og konsentrasjon av enterovirus i prøvene viste seg å være den viktigste. En korrelasjonstest viste en signifikant sammenheng mellom virusinnhold og mulighet for typing, hvor viruset i prøvene med lav konsentrasjon av enterovirus var vanskeligst å type. Av de 77 prøvene fra 2019 ble 55 typebestemt (77,5%), og coxsackievirus A6 ble detektert i 52,1% grunnet et utbrudd av hånd-, fot- og munnsyke. Coxsackievirus A6 ble detektert i flest sår- og blemmesekret, men også i spinalvæske i ett tilfelle. Problemer med deteksjon av enterovirus A71 førte til at metoden ble endret mot slutten av prosjektet. Nye primere ble utprøvd, og den modifiserte metoden ga langt bedre resultater ved deteksjon av denne genotypen. Vi fikk ikke anledning til å prøve ut de modifiserte primerne fullstendig, slik at videre utprøving er nødvendig.

A molecular method for enterovirus typing is under developing and will eventually be established at the microbiological laboratory at Haukeland University Hospital. Before establishment of the method it must be able to identify all the clinically relevant genotypes of enterovirus. Enterovirus positive samples tested at the laboratory from mid 2018 to January 2020 were analyzed in the project. The method used was a two-step reverse transcription polymerase chain reaction and a nested polymerase chain reaction followed by Sanger-sequencing. The sensitivity of the method and possible impacts on the sensitivity were investigated. Analyzing all enterovirus positive samples from 2019 gave a periodic overview as well. Of 120 samples 99 were typed (82,5%), divided into 15 different genotypes. Possible impacts on the sensitivity of the method were investigated, and virus concentration turned out to be the most important. A correlation test showed a significant relationship between the concentration of enterovirus in the samples and the possibility for typing. The samples containing the lowest concentration of the virus were also the hardest to type. Of the 77 samples from 2019, 55 were typed (77,5%), and coxsackievirus A6 was detected in 52,1% due to an outbreak of hand- foot- and mouth disease. Coxsackievirus A6 was mostly detected in swabs from wounds and vesicles, but also in cerebrospinal fluid in one case. Problems detecting enterovirus A71 lead to a modification of the method by the end of the project. New primers were designed, and the modified method gave much better results detecting the genotype. We did not get the chance to completely test the modified primers, which means further testing is necessary.